目前我国在环保工程施工监理方面仍存在很多问题，急需引起关注并加以解决。环保工程施工监理在监督与建设项目配套的环保工程施工情况、确保"三同时"顺利实现方面起着至关重要的作用。　　
　　项目在建设过程中施工监理缺失。目前大多数建设项目在建设施工期对环保不重视甚至缺失，因为噪声、扬尘、固体废物等引起了不少纠纷。许多建设项目在施工期发生了实质性的生态环境影响，甚至对周围生态造成了不可修复的破坏。在治污设施建设过程中，由于环保工程监管不到位，部分治污设施不按环评要求建设，工程完成后验收把关不严，导致污染治理设施建设质量差。
　　环保工程施工监理缺少行政监管。环保工程施工监理目前尚无明确的法律规定，主要依据环境影响报告书执行，对报告书批准要求进行环境管理的项目实施监理。对建设项目取得环评批复后到企业建成、开始试运行前的施工期环境问题往往较少关注，给以后的环境监管带来了很大困难。
　　缺乏必要的环保工程施工监理人员。目前环境监理多是工程监理的一部分。监理由第三方承担，受业主委托，依据合同和批准的环境影响报告书，对工程建设承包方的环保工作进行监督、管理和监察。施工监理人员经过环保监理业务培训，在工程施工过程中对环境污染可以做到有效控制。但大多数规模较小的建设项目，工程监理人员缺少环保培训，对于环评中相关要求和内容不甚了解，项目施工和建设达不到环评要求。
　　一，进一步完善环境监理法律法规体系建设，切实做到有法可依。要加强环保工程建设监理，须制订、颁布环保工程建设监理法规，明确环境监理的职责、内容、范围、方式、时间等。做到有法可依，形成业主、监理、承包方相互制约、相互协作、相互促进的运行机制。
　　二，强化环境监理项目的监督管理。环保行政主管部门要对辖区内环境监理项目提前介入，指定专人负责环境监理工作，加强对项目施工期环境监理活动的监督管理。特别是对建设地下排污管道等隐蔽工程的项目，在施工期间监理中，定期到现场进行监督检查，并记录在案。
　　第三，建立对环境监理人员的培训机制，引入职业资格制度。尽快建立相应的环境监理人员系统培训机制，引入职业资格制度，确保建设项目施工过程中环境保护设施的正常建设。